U službenoj zabilješci MUP-a Srbije, načinjenoj 14. 3. 2003. godine povodom ubistva bivšeg srpskog premijera Zorana Đinđića, navodi se da je bivši srpski obavještajac Jovica Stanišić optužio Vladimira Bebu Popovića da je “opasan kriminalac, saradnik MI6 i uključen u ubistvo Zorana Đinđića“, objavio je portal In4S, navodeći da je imao uvid u pomenutu zabilješku.

“Vladimira Popovića Bebu, Jovica Stanišić upoznao je u toku 2000. godine prilikom jednog kontakta sa premijerom Đinđić Zoranom, ali profesionalno poznato mu je da je Vladimir Popović Beba bio vrbovan od strane obaveštajne službe Velike Britanije. Po njegovim saznanjima, radi se o vrlo opasnom čoveku sklonom kriminalnim aktivnostima koji je nastojao da se postavi kao ‘bos mafije’ (navodno Beba je ranijih godina intenzivno čitao literaturu o mafiji i oduševljavao se Al Kaponeom – psihološki i umišljajni problem)“, stoji u službenoj bilješci od 14. 3. 2003, u kojoj je navedeno saslušanje Stanišića na dan 13. 3. 2003.

Istaknuto je mišljenje Jovice Stanišića da postoji visok stepen vjerovatnoće da je Vladimir Popović Beba na određeni način imao udjela u ubistvu premijera Đinđića “jer je za njega bio vezan samo interesno sa visokim kriminalnim aspiracijama, a nastojanje Đinđića da organizovani kriminal dovede pod kontrolu sigurno mu je predstavljao veliku prepreku“.

Prema saznanjima IN4S, Jovica Stanišić je bio u Crnoj Gori na dan izbora 16. oktobra 2016. godine, i tako neposredno pratio akciju “državni udar“.