Zatvaranje Gvantanama pokrenulo je pitanje tajnih zatvora na Kosovu i u BiH. Aktivisti za ljudska prava iz SAD-a tvrde da su zatvori slični Gvantanamu postojali na Kosovu, ali i u BiH.

Pozivajući se na izvještaj Savjeta Evrope, udruženja za zaštitu ljudskih prava tvrde da su vojne baze američke vojske, kao što je Orao kod Tuzle i kamp Bondstil kod Uroševca na Kosovu, služile kao mjesta na kojima su pritvarani, ispitivani i mučeni osumnjičeni pripadnici terorističke mreže Al Kaida.

Obje vojne baze, piše britanski Telegraf, a prenose hrvatski mediji, označena su kao mjesta gde su držani osumnjičeni radikalni islamisti, koji su potom deportovani u zatvor Gvantanamo.

Spominje se da su svi zatvorenici u pomenutim američkim vojnim bazama u BiH i na Kosovu, uključujući osumnjičene pomagače Al Kaide, ili optuženike za ratne zločine, ispitivani posebnim prisilnim metodama.

Pitanje tajnih zatvora u BiH i na kosovu pokrenuto je nakon odluke novog predsjednika SAD Baraka Obame da zatvori vojni zatvor Gvantanamo na Kubi u roku od godinu dana.

Vojni zatvor za osumnjičene protiv terorizma postao je, tokom administracije Džordža Buša, simbol primene agresivnih metoda ispitivanja, zbog kojih je Amerika optužena za torturu nad zatvorenicima.