Ilariona je februara 2007. godine Opštinski sud u Novom Sadu osudio na godinu dana zatvora zbog bluda nad maloljetnicima.

Ovaj slučaj datira još iz 2001. godine, kada je priveden istražnom sudiji Opštinskog suda u Novom Sadu zbog optužbi za pedofiliju, a u optužnom predlogu su imena deset dječaka od sedam do 11 godina koji su bili Ilarionove žrtve u Dvorskoj bašti u Sremskim Karlovcima. Mišić je nakon pritvora napustio Hopovo i, kako su tada javljali mediji, sa sobom „ponio" i veći dio manastirske imovine, uključujući i dva zvona. Ilarion je od odluke suda do sada promijenio nekoliko manastira.

Ilarion je bio iguman manastira Sveta Trojica kod Pljevalja, ali ga je te dužnosti razriješio episkop mileševski Filaret na zahtjev pljevaljske policije, zbog saznanja da se bavio pedofilijom. Ilarion je godinu docnije protjeran i iz Hrvatske iz istih razloga. Takvu odluku donio je Prekršajni sud u mjestu Orahovica, kod Virovitice.