Udruženje Protagora je reagovalo na izjavu vojnog ordinarija Jurija Jezerinca, na misi u Karlovcu povodom 20 godina priznanja Hrvatske, da je Domovinski rat bio posljedica “ateizacije, bezboštva i odbijanja Boga”, te tvrde kako je to zamjena teza, jer je u istoriji Crkva organizovano srovodila progone, a ne ateisti.

“Udruga za zaštitu ireligioznih, Protagora nije upoznata niti s jednim zločinačkim pohodom organiziranim ili upravljanim od strane neke organizacije agnostika, ateista i ostalih nevjernika. Ali znamo da je prve progone onih, koji drugačije vjeruju, započela Crkva, a ne ateisti. Naime u 4. stoljeću, nakon proglašenja kršćanstva službenom državnom religijom Rimskog Carstva, pobjednička frakcija kršćana započinje progon, kako drugih frakcija u okviru kršćanstva (npr. gnostika, a kasnije katara i bogumila), tako i pripadnika drugih religija koje pogrdno nazivaju poganima”, pišu u otvorenom pismu iz Protagore, koje prenosi portal Index.hr.